Institution fondée par les papes, l'Inquisition a pour but de rechercher et punir les atteintes portées à la foi catholique. Après l'assassinat du légat du pape Pierre de Castelnau, elle débute avec la lutte contre l'hérésie cathare. En 1215, la nomination de Saint Dominique comme Inquisiteur Général lui donne une puissante impulsion.
Le pape Grégoire IX soumet ce tribunal à la seule autorité du Saint Siège en 1223.
Les populations réagissent parfois avec vigueur à ces horribles pratiques. Ainsi en 1242, deux inquisiteurs sont massacrés à Avignonet, près de Toulouse.
Peu à peu les Dominicains se retirent du système, en raison de la censure papale à laquelle leurs sentences, souvent extrêmes, sont soumises.
Les tribunaux séculiers sous la direction des évêques assurent en France le relais, puis avec le pape Alexandre IV, les Prêcheurs, à qui une indépendance totale est laissée. Clément V revient à partir du Concile de Vienne en 1312 à la règle ancienne en raison des abus.
Prison perpétuelle, le plus souvent, au terme d'une procédure secrète conduite dans les «maisons saintes», peine de mort plus rarement, telles sont les peines publiquement prononcées.
En Espagne, fondée sous les règnes de Ferdinand d'Aragon et d'Isabelle de Castille, elle a pour objectif de poursuivre les Juifs et les Maures relaps (convertis retombés dans l'hérésie, c'est-à-dire dans leurs religions d'origine). Sous le nom de Saint Office, elle agit avec une violence extrême. Le premier Grand Inquisiteur, Thomas de Torquemada, prieur des Dominicains de Ségovie, fit preuve d'un grand activisme. C'est sous Philippe II, contemporain du roi français Henri II, que l'Inquisition se signala le plus par son zèle vigoureux et sanglant, en Espagne et aux Pays Bas, multipliant les autodafés jusqu'au milieu du XVIe siècle !
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